【学术分享第6期】常规组织病理学弱监督无标注肿瘤检测与基因型预
来源:安全 2023年03月11日 12:15
多codice_可视化提升了可解释特质
早先在数字解剖学层面的高度研修研究成果提供了单codice_假设温力上图,使三维假设更不免了解。然而,本文腌渍级检验三维通过外观设计输出了MD假设,这必需多元的可视化。为了实现这一之前提,我们共同开发了一种三元可视化作法,该作法受限制我们在单个温力上图以之前断定骨髓探测和假设突变的忽略(上图3A)。各类病症的标志特质假设上图如上图3B标明。这些温力上图为单个骨髓的解剖深入研究提供了帮助,因为它们直接断定了骨髓的一般而言。在与研究者一起查看MD可视化地上图时,我们发现微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富骨髓和微卫星不耐久特质/错配修复突变弱点骨髓秘密组织(上图4A,B)可以由人类方向上整合。此外,三元可视化地上图强调了骨髓的一般而言。在确实的微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富骨髓以之前,尽管骨髓秘密组织整体断定为“紫色”(微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富),但骨髓经年累翌年边界内偶尔被(偏差地)归为为微卫星不耐久特质/错配修复突变弱点 (上图3B, 4A)。对表层秘密组织腌渍的深入研究断定,这些区域内都是了细胞会丰富的骨髓经年累翌年边界内,这是CRC的一个众所周知的形态。
上图1-腌渍级检验三维。(A)现在的研究成果选用带腌渍级加注的阴特质和单数骨髓,而腌渍级检验三维在特训以之前有数了短时间的秘密组织腌渍。(B)骨髓秘密组织基本上上图表(紫色,微卫星耐久特质;采集DACHS (微卫星不耐久特质情况下n = 2039)的短时间秘密组织(HBrownE),提高效率并归短时间化。利用腌渍级检验三维提供病症级假设和MD紧致假设上图。(C)腌渍级检验三维对YCR-BCIP的外部的测试(微卫星不耐久特质情况下n= 805)。
上图2-腌渍级检验三维强于以外最出色的三维。(A)比较腌渍级检验三维(红色)和以外最出色的三维(黑色)的ROC曲率断定病症级可靠特质。腌渍级检验三维在特训字段(DACHS,通过复合的测试检验)和外部的测试字段(YCR-BCIP)以之前强于以外最出色的三维。放大的细节断定了在ROC紧致的高灵敏度区域内的安全特质提升。(B)每组之前五名病症的最佳假设上图块。对于微卫星不耐久特质、微卫星耐久特质骨髓和短时间秘密组织的形态学,以及高级别(3-4级)、低级别(1-2级)骨髓和短时间秘密组织,腌渍级检验三维识别出了秘密病理上确切的上图表块。
上图3-可视化复用的假设。(A)用于骨髓探测和分型的多重紧致判断假设的三元可视化。基于上图块假设,为每个腌渍创建三个通道(微卫星不耐久特质/错配修复突变弱点、微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富和短时间秘密组织)。这些通道被更名到涵盖每个信息的单一温力上图。(B) 微卫星不耐久特质/错配修复突变弱点和微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富和短时间秘密组织的采样温上图。特别是微卫星耐久特质骨髓右边的采样断定,在某些但会,骨髓腌渍上可见周边地区的非骨髓秘密组织。
上图4-腌渍级检验三维探测并排除非信息秘密组织,更佳骨髓分型。(A)给出了两个典型案唯的数字腌渍早期上图和具体来说的温力上图。微卫星耐久特质/错配修复突变骨髓周围有健康秘密组织。尽管该病症被正确地资源分配了微卫星耐久特质/错配修复突变经验丰富的高分,但三codice_可视化断定该病症的高度研修仅存在间歇特质的一般而言。(-) 为假设单数的区域内,(+)为假设阴特质的区域内, (N)为三维假设的短时间秘密组织。(B) 微卫星不耐久特质/错配修复突变弱点类病症都是1名。在本唯以之前,骨髓秘密组织均被假设为微卫星耐久特质/错配修复突变。
本文译自《病理信息学周刊》(2022年1翌年)
原作者:J Pathol January 2022; 256: 50–60
Published online 22 October 2021 in Wiley Online Library
(wileyonlinelibrary.com) DOI: 10.1002/path.5800
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